Die Fachklinik Neue Rhön hat zur internen Qualitätssicherung das Qualitätsmanagementverfahren dequs eingeführt, das durch die Bundesarbeitsgemeinschaft für Rehabilitation (BAR) zugelassen und vom Bundesverband stationärer Suchthilfeeinrichtungen mit entwickelt wurde und empfohlen wird. Die Klinik ist durch certiQ nach dequs zertifiziert.

Die Unternehmensentwicklung wird im Rahmen von Mitarbeiterprojekten vorangetrieben.  Verantwortlich für das Qualitätsmanagement in der Klinik sind die beiden Qualitätsmanagement-Beauftragen Sabrina Lieb und Maja Berg.