Die Fachklinik Neue Rhön hat zur internen Qualitätssicherung das Qualitätsmanagementverfahren dequs eingeführt, das durch die Bundesarbeitsgemeinschaft für Rehabilitation (BAR) zugelassen und vom Bundesverband stationärer Suchthilfeeinrichtungen mit entwickelt wurde und empfohlen wird. Die Klinik ist durch certiQ nach dequs zertifiziert.
Die Unternehmensentwicklung wird im Rahmen von Mitarbeiterprojekten vorangetrieben. Dazu hat die Fachklinik Neue Rhön das INQA Prädikat „Wir arbeiten zukunftsfähig“ im Jahr 2021 erhalten.